心理咨询师合格证是由国家相关部门颁发的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力，心理咨询师合格证的颁发主要由以下几个部门负责：

1、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学领域的最高学术机构，负责组织和实施心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过中国心理学会组织的心理咨询师资格考试，合格者可以获得心理咨询师合格证。

2、各省市心理学会：各省市心理学会是地方性的心理学学术机构，负责组织和实施本地区心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过各省市心理学会组织的心理咨询师资格考试，合格者可以获得心理咨询师合格证。

3、专业培训机构：除了国家相关部门和地方性心理学会外，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理治疗师培训中心、心理咨询师培训学校等，这些培训机构通常会与国家相关部门和地方性心理学会合作，共同组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过这些培训机构的心理咨询师资格考试，合格者也可以获得心理咨询师合格证。

4、国际认证机构：随着国际交流的不断加深，一些国际知名的心理咨询师认证机构也开始在中国开展业务，如美国心理学家协会（APA）、英国皇家心理学会（BPS）等，这些国际认证机构通常会与中国心理学会、各省市心理学会或专业培训机构合作，共同组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过这些国际认证机构的心理咨询师资格考试，合格者也可以获得心理咨询师合格证。

心理咨询师合格证的颁发主要由国家相关部门、地方性心理学会、专业培训机构和国际认证机构负责，不同机构的认证标准和程序可能会有所不同，但都需要通过严格的考试和培训，以确保持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力。