三级心理咨询师证书颁发机构有很多，以下是一些比较知名的机构：

1、中国心理卫生协会：中国心理卫生协会(China Psychological Health Association,简称CPHA)是中国唯一的全国性专业性社会团体，也是国家卫生健康委员会的直属单位，该协会负责组织和开展心理咨询师职业资格认证工作，包括三级心理咨询师证书的颁发。

2、各省市心理卫生中心：各省市心理卫生中心通常也会负责本地区的心理咨询师职业资格认证工作，包括三级心理咨询师证书的颁发，这些中心通常由卫生部门或民政部门主管，是一个具有一定权威性的认证机构。

3、各大高校心理咨询中心：许多高校都有自己的心理咨询中心，这些中心通常也会负责本校学生的心理咨询师职业资格认证工作，包括三级心理咨询师证书的颁发，这些中心通常由学校教务部门或学生工作部门主管，是一个具有一定权威性的认证机构。

4、其他专业认证机构：除了以上几个主要的认证机构外，还有一些其他的专业认证机构也提供三级心理咨询师证书的颁发服务，中国职业技能鉴定指导中心、全国人才交流服务中心等。

需要注意的是，不同的认证机构可能有不同的认证标准和流程，因此在选择认证机构时需要仔细比较各个机构的条件和要求，在获得三级心理咨询师证书后还需要参加继续教育和实践培训等工作，以不断提升自己的专业水平和服务质量。