心理咨询师证书是由国家相关部门发放的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的资格和能力，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学领域的最高学术机构，负责组织和实施心理咨询师的职业培训、考试和认证工作，通过中国心理学会组织的心理咨询师考试，合格者可以获得心理咨询师证书。

2、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施心理咨询师的职业标准和管理规定，国家卫生健康委员会下属的职业技能鉴定指导中心，负责组织和实施心理咨询师的职业鉴定工作，通过职业技能鉴定，合格者可以获得心理咨询师证书。

3、地方人力资源和社会保障局：地方人力资源和社会保障局是地方政府主管人力资源和社会保障工作的部门，负责组织和实施心理咨询师的职业培训、考试和认证工作，通过地方人力资源和社会保障局组织的心理咨询师考试，合格者可以获得心理咨询师证书。

4、专业培训机构：除了国家相关部门，还有一些专业培训机构也提供心理咨询师的培训和认证服务，这些培训机构通常与国家相关部门合作，共同组织和实施心理咨询师的职业培训、考试和认证工作，通过专业培训机构的心理咨询师考试，合格者可以获得心理咨询师证书。

心理咨询师证书的发放程序一般包括以下几个步骤：

1、报名：需要报名参加心理咨询师的培训和考试，报名通常可以通过国家相关部门的官方网站、专业培训机构的官方网站或者线下报名点进行。

2、培训：报名成功后，需要参加心理咨询师的培训课程，培训课程通常包括心理学基础知识、心理咨询技能、职业道德等内容，培训课程可以在线学习，也可以参加线下培训班。

3、考试：培训结束后，需要参加心理咨询师的考试，考试通常分为理论考试和实践考试两部分，理论考试主要测试学员的心理学基础知识，实践考试主要测试学员的心理咨询技能。

4、成绩公布：考试结束后，相关部门会公布考试成绩，考试成绩通常分为合格和不合格两种，合格的学员可以继续申请心理咨询师证书。

5、证书发放：通过心理咨询师考试的学员，可以向相关部门申请心理咨询师证书，证书的发放通常需要提交一定的材料，如身份证明、学历证明、培训证明等，审核通过后，相关部门会将心理咨询师证书发放给学员。

心理咨询师证书的发放由国家相关部门、地方人力资源和社会保障局、专业培训机构等共同负责，通过参加心理咨询师的培训和考试，合格者可以获得心理咨询师证书，从而具备从事心理咨询工作的资格和能力。